所谓马穆鲁克人，就是各族奴隶出身的军人，马穆鲁克王朝各个素丹，有父子相承者，亦有军人篡权者，军人亦皆出于奴隶，奴隶而为禁军而为将军以擅朝政，是中世纪阿拉伯各国经常发生之事。
1249年11月，艾优卜王朝撒列哈逝世，次年，萨利赫之子突兰沙继位后不到3个月，因其与谢杰莱及马穆鲁克近卫军首领政见不同，旋被其后母舍哲尔·杜尔遣人暗杀，舍哲尔本为突厥或亚美尼亚女奴，曾侍巴格达哈里发穆斯台耳绥木，后侍撒列哈，立幼主艾什赖弗·穆萨，僭称埃及女王，八十天后，嫁与各艾米尔推选的素丹伊兹丁·艾伊贝克，马穆鲁克王朝建立（1250-1517），旋废艾什赖弗，艾优卜王朝亡。
艾伊贝克在位时，平定了叙利亚的艾优卜王朝残余势力。
1259年，穆扎法尔·赛福丁·古突兹废艾伊贝克之子、幼主曼苏尔·阿里，篡位。
1260年，蒙古旭烈兀灭巴格达阿拔斯王朝二年后，以古突兹杀使，遣大将怯的不花来伐，古突兹和大将麦列克·扎希尔·拜伯尔斯败蒙古军于阿因·扎卢特，杀怯的不花，叙利亚又并于埃及，10月24日，拜伯尔斯袭杀古突兹，篡位。
拜伯尔斯在位时（1260-1277年），马穆鲁克王朝开始强盛，攻十字军诸城，1263年，拜伯尔斯占领了卡拉克，毁拿撒勒教堂；1265年，取恺撒里亚；1266年7月23日，萨法德圣殿骑士团两千名骑士以许以不杀而降，而拜伯尔斯终屠之；1268年取雅法，5月21日降安条克，屠守军一万六千人，另十万军队，与妇婴尽于埃及卖为奴，焚毁城堡及教堂，安条克本为罗马古城，至此废。
1271年3月24日到4月8日围降希斯尼·艾克拉德，此处是慈善院骑士团主要的避难所，阿萨辛人在此的残余据点也被攻破，安塔尔突斯的圣殿骑士团和麦尔盖卜的慈善院骑士团求和，订10年休战协定。
拜伯尔斯之时，埃及重建海军，建驿站，修清真寺，任命法官，与蒙古钦察汗国盟，而与伊尔汗国为敌，与西西里、阿拉贡、塞维利亚（二者在西班牙）订贸易条约，迎阿拔斯王朝之宗族于开罗，以延其祀，这些哈里发傀儡的世系一直延续到土耳其来攻。
1277年，拜伯尔斯死，其陵在今大马士革的扎希里叶图书馆。
1279年，麦列克·曼苏尔·赛福丁·盖拉温废拜伯尔斯之幼子赛拉米什，篡位（1279-1290年在位），盖拉温与拜伯尔斯均为钦察汗国的突厥奴隶出身。
1280年，伊儿汗国第二位大汗、旭烈兀之子阿八哈攻叙利亚，败之于霍姆斯。
盖拉温在位时继续攻占十字军诸城，1282年和1285年与安塔尔突斯的圣殿骑士团和贝鲁特的提尔公主订停战条约；1285年5月25日围降麦尔盖卜；1289年4月占黎巴嫩的的黎波里。
盖拉温在位时，与钦察汗国、东罗马、热那亚共和国、法兰西、卡斯提尔（西班牙未统一前的基督教小国）、西西里均有友好关系，修缮阿勒颇、巴勒贝克和大马士革的城堡，在开罗建大医院。
1290年，盖拉温去世，子艾什赖弗继位（1290-1293年），继续进攻十字军，此时十字军要地唯阿卡一城，以弩炮九十二攻阿卡壁垒，1291年5月陷之，对圣殿骑士团许以不杀，终屠之。
其后十字军所余诸城提尔、西顿、贝鲁特、安塔尔突斯和阿斯里斯，数月内均降，十字军战争遂告结束。
1293年，艾什赖弗死，弟纳绥尔九岁继位（其在位三次：1293-1294年，1298-1308年，1309-1340年），1299年，伊儿汗国第七位大汗合赞汗·麦哈茂德以十万军来伐，12月23日败埃及军队于希姆斯。
1300年年初大马士革陷，洗劫叙利亚北部其余的城市，3月，蒙古军退，埃及人重新占领了叙利亚全境，三年之后合赞汗又来攻，败于大马士革南边的素斐尔草原，此后伊尔汗国不再来进攻。
蒙古人从大马士革撤出后不久，纳绥尔开始迫害黎巴嫩德鲁兹人，因为德鲁兹人曾经袭击埃及撤退中的军队，北部黎巴嫩的马龙派基督教徒被消灭殆尽，1302年起，屡次进攻亚美尼亚（今土耳其东南）。
纳绥尔极奢侈，虽然有公共设施的修建和工艺发展，然而赋税沉重，他去世之后，国内发生了内战、饥荒和瘟疫，1348年到1349年蹂躏欧洲的“黑死病”，曾在埃及持续七年，死人无算。
纳绥尔死后，盖拉温家族的世系延续到1390年，其后马穆鲁克素丹主要是塞加西亚人，这些素丹多数不是世袭，且多数贪婪暴虐，此时赋税沉重，对基督徒和犹太人的迫害加剧，埃及-叙利亚进入最黑暗时期，到王朝晚期，1498年，葡萄牙人达迦玛发现了绕道好望角的新航道。
此后印度洋的穆斯林船只经常遭受葡萄牙和其他欧洲舰队的攻击，香料贸易也逐渐不经过叙利亚和埃及，马穆鲁克王朝失去了国家岁入的一个主要来源，而且埃及和叙利亚的地理地位也降低了。
1390年，塞加西亚人贝尔孤格废纳绥尔的重孙撒列哈·哈只·伊本·舍耳班（1381-1382年，1389-1390年两度在位），篡位，当其末年（1399年），处死帖木儿派遣的亲善使团。
次年，法赖吉在位，帖木儿袭击叙利亚北部，大掠阿勒颇城三天，以居民二万多人头骨筑成小山，高十骨尺，周围二十骨尺，脸面一律向外，许多学校和清真寺被夷为平地，埃及军队先头部队被击溃。
1401年2月，大马士革陷，此城劫掠之际，火灾爆发，帖木儿强迫伊斯兰教的宗教学者们发表声明，承认他的行为合乎教律，倭马亚清真寺被焚毁，学者和工匠被掳到帖木儿首都撒马尔罕。
1422-1438年，白尔斯贝在位，瘟疫再次流行，白尔斯贝认为是人民作恶多端，招致天谴，下令禁止妇女走出门外，命令基督教徒和犹太教徒缴纳新的苛捐杂税，以赎罪戾，他还下令把非穆斯林的公务人员一律开除，而且要他们穿上特殊服装，白尔斯贝为消灭海盗，于1424-1426年攻占塞浦路斯岛，俘基督教国王贾纳斯，经过威尼斯领事调停，贾纳斯以二十万第纳尔赎金重登宝座，且保证以后每年缴纳两万第纳尔的贡税。
此后奥斯曼突厥兴起，已灭东罗马，以君士坦丁堡为都（伊斯坦布尔），奥斯曼突厥和萨菲波斯同为强国，两国开始长期战争。
1515年奥斯曼土耳其占领波斯首都大不里士、美索不达米亚和亚美尼亚的一部分，次年春，马穆鲁克王朝素丹干骚借口调停交战双方，进兵阿勒颇，阴图助波斯，但是土耳其素丹赛里木使谍察其情，剃掉来使胡须，处死随员，让来使乘骡带回宣战通牒。
1516年8月24日，两军相遇于阿勒颇北边的达比格草原，土耳其军队采用枪炮火器，打败马穆鲁克军队，干骚坠马中风而死，赛里木进阿勒颇城，10月中旬，赛里木进大马士革，叙利亚遂归土耳其。
1517年1月22日，土耳其军进至开罗郊区，时突曼贝已就任素丹，土耳其军队不久攻下开罗，杀城内所有俘获的马穆鲁克人，突曼贝死，马穆鲁克王朝灭亡，埃及并入土耳其，麦加和麦地那随之而成为土耳其版图的一部分。
这年秋天，赛里木把阿拔斯朝哈里发穆台瓦基勒带到伊斯坦布尔（君士坦丁堡），投入监狱，赛里木儿子苏莱曼登基后，遣之还，他于1543年死于开罗，阿拔斯哈里发之祀遂绝。
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